Vývoj Kobudo bol odpradávna spojený s Karate. Mnohý z majstrov okinavského Karate boli tiež experti v zaobchádzaní so zbraňami. Z tohto dôvodu majú i spoločnú históriu.
Prvá historická zmienka o zbraniach Kobudo je z roku 1243 z jednej vojnovej bitky. Od roku 1609 začína japonská okupácia Okinavy klanom Satsuma. Táto nadvláda trvala takmer tri storočia. Domorodým obyvateľom priniesla utrpenie, biedu, ponižovanie zo strany Japoncov, vysoké dane a pod. Satsuma tiež skonfiškoval zbrane, aby sa mu nemohli vzoprieť. Týkalo sa to hlavne prostého ľudu a tak museli byť Okinavci chytrí a vynaliezaví. Zistili, že sa môžu lepšie brániť, keď použijú rôzne poľnohospodárske náradie, s ktorým pracovali každý deň a postupom času ich adaptovali do systému To-De. Vtedajšie tréningy prebiehali len v noci a majstri mali len niekoľko málo žiakov.
Až do polovice 20. storočia bol tréning s okinavskými zbraňami súčasťou Karate.
Aj keď sú Kobudo a Karate dve rozdielne bojové umenia, je štúdium Kobudo omnoho jednoduchší pre ľudí, ktorí praktikujú tiež Karate, pretože postoje, samotné cvičenie, názvoslovie, skúšky, farby opaskov sú skutočne veľmi podobné a v niektorých prípadoch totožné.
